Leczenie chorych zatok to proces długotrwały. Co więcej, raz wyleczone schorzenie, często daje nawroty. Wiąże się to ze specyficzną podatnością osobniczą na stany infekcyjne zatok. Przyczyną może być na przykład banalna wada anatomiczna, jaką jest skrzywienie przegrody nosowej. W takim przypadku dobre efekty może przynieść operacyjna korekcja przegrody. Doraźne metody opanowania zapaleń zatok sprowadzają się najczęściej do farmakoterapii. Na rynku istnieje szereg preparatów zmniejszających ból zatok, nie leczą one jednak przyczyny choroby. Nieco lepsze działanie mają preparaty dostępne w formie kropli i aerozoli, które rozrzedzają gęstą wydzielinę i obkurczają śluzówkę nosa. Korzystne efekty mogą przynieść również preparaty silnie skoncentrowanych ekstraktów roślinnych: werbeny, goryczki, dziewanny, bzu czarnego. Bardziej inwazyjne metody,jak endoskopowe płukanie zatok przeprowadza lekarz laryngolog.