Każda przewlekła choroba wymaga pogodzenia jej z zajściem w ciążę. Z reguły polega to na wyborze najbardziej odpowiedniego momentu w porozumieniu z lekarzem prowadzącym chorą. Najlepsze są momenty remisji choroby, które często mają miejsce w WZJG po zastosowaniu odpowiedniego leczenia. Większość przeprowadzonych na świecie analiz wskazuje, że kobiety z chorobami zapalnymi jelit generalnie dobrze znoszą ciążę i mogą urodzić zdrowe dzieci. Wzrasta niestety nieco ryzyko porodu przedwczesnego oraz urodzenia dziecka z niższą masą urodzeniową. Pogorszenie stanu matki może zaistnieć, kiedy kobieta zaszła w ciążę w okresie zaostrzenia choroby. Nie jest to jednak ścisłą regułą. Większość leków stosowanych w terapii WZJG uważa się za nieteratogenne. Wyjątkiem są silne leki cytostatyczne, jak metotreksat. Właściwe prowadzenie ciąży u kobiety z WZJG powinno obejmować jednak ścisłą współpracę ginekologa i gastrologa.